Le fonds s'organise en 5 parties, qui reprennent l'organisation générale et les missions du SMPBR.
Les 4 premières parties portent sur le fonctionnement du syndicat :
- La 1 partie concerne la direction et l'administration générale. On y trouve notamment le suivi de l'activité (avec les rapports annuels), l'organisation du syndicat (avec les statuts et les instances de gouvernance). On y trouve par ailleurs des dossiers sur la création de la société publique locale (SPL) Collectivité eau du bassin rennais et de la commission consultative pour les services de publics locaux (CCSPL). Notons également la présence de documents relatifs au transfert de la compétence production, aux affaires foncières, à la communication (à noter : la communication spécifique aux bassins versants est directement intégrée dans la dernière partie) et aux litiges et contentieux.
- La 2 partie regroupe les ressources humaines. Elle est réduite, la plupart des dossiers se trouvant actuellement à la CEBR. On y trouve les dossiers liés à la carrière et la paie (recrutement, cotisations, etc.). À noter que les agents du SCIC et du SMPBR avant 2011 étaient rattachés à la ville de Rennes.
- La 3 partie concerne les finances, marchés publics et service support. Elle se compose des documents comptables (grands livres) et des dossiers de subventions versées et reçues pour de nombreux travaux et projets. Une sous-partie relative aux marchés publics et constituée de registres permet d'apprécier l'étendue des marchés passés de 1987 à 2006. Des conventions (financières, de servitudes…) ont été placées dans cette partie et sont classées par numéro et par année. Enfin deux dossiers relatifs aux systèmes d'information clôturent cette partie.
Les 2 dernières parties concernent l'activité du syndicat, relatives à la gestion technique des équipements et au suivi des travaux.
- La 4 partie porte sur l'activité production et distribution de l'eau potable. Elle se décline en plusieurs sous-parties :
- Sur l'alimentation en eau potable (AEP) dans sa généralité. Elle est constituée du schéma d'alimentation en eau potable du SMPBR, du département et de la région. On retrouve également des études liées à l'AEP et enfin deux dossiers concernant la recherche d'eau souterraine.
- Les dossiers de travaux : il s'agit pour les premiers dossiers de travaux essentiellement liés à la production qui ne rentrent pas dans les ensembles géographiques qui vont suivre (à savoir Rennes 1 à 4) : on peut citer les travaux sur la mise en place de stations d'alerte et de mesure sur les ressources en eau de la ville de Rennes ou encore la réalisation d'une 3 adduction d'eau potable entre la ville de Rennes et le syndicat intercommunal des eaux de Chantepie/Vern-sur-Seiche.
Sont ensuite classés par secteur géographique les dossiers de travaux liés à la production et aux adductions d'eau qui correspondent à des infrastructures :
ü Rennes 1 (Drains ou captages du Coglais / Drains de la Minette Loisance),
ü Rennes 2 (Prise d'eau dans le Couesnon et usine de Mézières sur Couesnon,
ü Rennes 3 (Barrage de la Rance, Usine et adduction de Rophémel),
ü Rennes 4 (Barrage du Canut, Pont Muzard, Barrage de la Chèze, Station de pompage de Mordelles, Les Bougrières, Usine de Villejean).
Puis les dossiers de travaux plus variés, sur factures et demandes de branchements par communes.
- Le suivi et du contrôle de la délégation de service public (DSP) avec les contrats passés avec la Compagnie générale des eaux (CGE) depuis 1933, devenue Veolia Eau.
- La mise en sécurité des ouvrages du réseau, des marchés liés au programme économie d'eau et du comité sécheresse.
- La 5 partie porte sur la protection des ressources. Elle est constituée en majeure partie des opérations liées aux différents bassins versants, notamment des actions agricoles et des périmètres de protection des captages (Chèze-Canut, Mézières-sur-Couesnon, Rophémel, etc.). On y trouve également des dossiers liés au schéma d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE), les bilans agronomiques et enfin le suivi d'actions de sensibilisation destinés aux scolaires et aux professionnels du jardinage, notamment avec la charte d'engagement "Jardiner au naturel".